L’orpaillage n’érode pas que les sols. Une étude menée dans la réserve naturelle des Nouragues par des chercheurs de l’Université de Toulouse, du CNRS et du Parc Amazonien de Guyane montre que la biodiversité des poissons des cours d’eau est durablement impactée par les activités d’orpaillage qui se sont développées de manière clandestine. Les chercheurs ont constaté que « malgré la dimension modeste de ces chantiers, les modifications d’assemblages de poissons induits par l’orpaillage se manifestent par une tendance à la disparition des espèces vivant exclusivement dans les petits cours d’eau qui sont remplacées par des espèces plus ubiquistes. De même, les espèces de grande taille tendent à être remplacées par des espèces de taille plus petite, probablement plus aptes à persister dans les zones perturbées ».
Ces tendances restent visibles dans les sites où l’activité minière est stoppée depuis plusieurs mois. L’orpaillage constitue une menace durable pour la biodiversité des cours d’eau de Guyane.