Dans son rapport annuel 2011, la Cour des comptes estime que pour l’agriculture en outre-mer, « les aides publiques se sont établies, en 2008, à 28,6 % de la valeur de la production agricole outre-mer, soit presque le double de la proportion constatée en métropole (14,5 %), avec un accroissement entre 2000 et 2008, les aides ayant augmenté alors que la production stagnait en valeur ». Cette proportion connaît de fortes variations selon les départements. En 2008 ces subventions s’élèvent à 32.8% en Guadeloupe, 64.7% pour la Martinique et 8.4% pour la Guyane.
Alors que la modernisation du secteur agricole en France visait un solde commercial positif, « la situation outre-mer reste, à cet égard, très éloignée de l’objectif, avec un taux de couverture de l’ordre de 20 % pour les produits agricoles et alimentaires. »
Selon la Cour des Comptes les aides à l’agriculture des départements d’outre-mer n’atteignent pas leur objectif, et leur logique doit être révisée.
Le rapport recommande de « redéployer les aides en privilégiant la diversification des produits et les circuits de transformation, avec un objectif de réduction des importations ; prendre en compte le « bilan carbone » dans les raisonnements économiques, en vue de favoriser un développement plus endogène des productions » ou encore de « lier le versement des aides au strict respect de la réglementation environnementale, et d’une manière générale, à des objectifs de développement durable mieux ciblés ».